L'atlas génomique national des Listeria vivant dans le sol révèle les effets de la sélection et de l'écologie des populations sur l'évolution du pangénome

Titre	L'atlas génomique national des Listeria vivant dans le sol révèle les effets de la sélection et de l'écologie des populations sur l'évolution du pangénome
Auteurs	Jingqiu Liao, Xiaodong Guo, Daniel L. Weller, Shaul Pollak, Daniel H. Buckley, Martin Wiedmann, Otto X. Cordero
Journal	Nature Microbiology
Date	07/15/2021
DOI	10.1038/s41564-021-00935-7
Introduction	Les populations bactériennes vivant dans des environnements naturels présentent une grande diversité génomique, due en grande partie à des changements de contenu génétique résultant d'échanges d'ADN avec leur environnement. Les facteurs écologiques précis à l'origine de cette variation génomique et l'influence de la sélection font l'objet d'un débat permanent. Cette étude aborde ces questions en compilant un atlas national complet de 1 854 souches de Listeria, systématiquement isolées à partir de sols dans l'ensemble des États-Unis contigus. Il a été observé que Listeria occupait des conditions environnementales diverses, principalement influencées par l'humidité du sol, le molybdène et les niveaux de salinité. L'analyse des données du génome entier de 594 souches représentatives a permis de classer la diversité des Listeria en 12 phylogroupes, chacun présentant des gammes d'habitats et des degrés d'endémisme distincts. Les phylogroupes ayant une présence environnementale étendue, appelés "cosmopolites", possèdent des pangénomes plus étendus et présentent un déséquilibre de liaison réduit, ce qui indique des taux élevés d'acquisition et de perte de gènes et de transfert d'allèles par rapport aux phylogroupes adaptés à des habitats plus étroits. Ces phylogroupes cosmopolites contenaient également une proportion significative de gènes affectés par la sélection positive. L'impact de la sélection positive était particulièrement évident dans le génome central spécifique au phylogroupe, ce qui suggère que ces gènes centraux sont cruciaux pour l'adaptation au sein de lignées spécifiques. Ces résultats démontrent que l'adaptabilité génomique et la recombinaison sont des conséquences des pressions sélectives pour la persistance dans des environnements variés.
Citation	Jingqiu Liao, Xiaodong Guo and Daniel L. Weller et al. Nationwide genomic atlas of soil-dwelling Listeria reveals effects of selection and population ecology on pangenome evolution. Nat. Microbiol. 2021. DOI: 10.1038/s41564-021-00935-7
Élément	Molybdène (Mo) , Sodium (Na)
L'industrie	Agriculture , Recherche et laboratoire

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